内设9个机关部室：办公室（网络工作部）、组织人事部、宣传教育部、权益保障部、劳动和经技工作部、基层工作部、女职工部、财务资产管理部、经费审查委员会办公室（审计室）；设立3个产业工联会工委：厦门市市直机关事业工作委员会、厦门市服务业工会联合会工作委员会、厦门市制造业工会联合会工作委员会；下属3家事业单位：市工人文化宫、市职工服务中心和职工对外交流中心（全媒体中心）。
厦门市总工会主要职能：
（一）坚持中国共产党的领导，坚定中国特色社会主义道路，贯彻党的基本理论、基本路线、基本纲领、基本经验、基本要求，保持和增强政治性、先进性、群众性，履行引导职工听党话、跟党走的政治责任；贯彻落实市委、市政府的决策部署，贯彻执行上级工会的决定和本级工会代表大会的决议。
（二）贯彻落实党的全心全意依靠工人阶级的根本方针，牢牢把握为实现中华民族伟大复兴中国梦而奋斗的时代主题，围绕中心，服务大局，开展群众性社会主义劳动竞赛，组织动员职工积极参加特区建设。
?。ㄈ┘岢忠灾肮の?，积极履行维护职工合法权益的基本职能，依法实现好、维护好、发展好职工利益；做好服务职工、帮扶困难职工工作，加强工会服务窗口和活动阵地建设，参与社会公共服务事务管理，提升服务职工水平；畅通职工诉求表达、矛盾调处、权益维护渠道，推动构建和谐劳动关系，维护职工队伍稳定。
?。ㄋ模┳橹徒逃肮ひ勒障芊ê头傻墓娑ㄐ惺姑裰魅ɡ⒒又魅宋痰淖饔?，通过各种途径和形式，参与管理国家事务、经济和文化事业、社会事务；督促企事业单位依法建立以职工代表大会为基本形式的民主管理制度，落实职工知情权、参与权、表达权和监督权。
?。ㄎ澹┙逃贾肮ど钊爰猩缁嶂饕搴诵募壑倒郏髁⒄返氖澜绻?、人生观、价值观，追求高尚的职业理想；广泛宣传劳模精神、劳动精神和工匠精神，弘扬工人阶级伟大品格；引导职工提高技术技能和科学文化素质，建设有理想守信念、懂技术会创新、敢担当讲奉献的职工队伍。
?。┘忧抗せ嶙橹陨斫ㄉ?，扩大覆盖面，增强凝聚力，推动工会事业健康发展；坚持深化改革，创新组织体制、管理模式、运行机制和活动方式；突出主责主业，做实做强工会工作品牌，扩大工会组织影响力；加强对劳动关系领域社会组织的政治引领、示范带动、联系服务；运用互联网技术创新和拓展工会工作方式。
?。ㄆ撸┬髑芾砬芄せ崃斓几刹?，推动各区总工会、产业工会加强领导班子建设；研究制定工会干部的管理制度和培训规划，负责镇街、园区以上工会和大型企事业单位工会领导干部的培训工作。
?。ò耍┘忧咳泄せ峋押凸せ嶙什墓芾?、审查、审计工作；制定完善工会经费管理使用规定，对相关政策进行解释、解读，指导各级各部门贯彻执行；坚持工会经费服务基层、服务职工的使用方向，收好、管好、用好工会经费；加强全市工会经费使用情况监督检查，对违反“八不准”要求、设立“小金库”、违规发放津补贴等问题，及时作出处理；受理群众反映违规使用工会经费的举报，并核实处理。
?。ň牛┬形⑹姓龊萌?、省劳动模范推荐工作和市劳动模范评选工作，做好全国、省五一劳动奖章、五一劳动奖状和工人先锋号推荐工作和市五一劳动奖章、五一劳动奖状和工人先锋号评选工作；负责历届市级以上劳动模范和五一劳动奖章获得者的管理和服务工作。
?。ㄊ┳龊霉せ岫蕴üぷ鳎⒒恿桨豆せ崦窦浣涣饔攀?；开展与港澳地区工会的工作交流；加强和发展同友好国家、地区工会的联系交往。
?。ㄊ唬┏邪焓形?、市政府和上级工会交办的其他工作。